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El 14 de Septiembre de 1961 el Ministerio de Educación mediante resolución No. 1242 autorizó el funcionamiento del Colegio Nacional Piloto Amazonas como pionero de la reforma educativa. A partir del año lectivo 1961 - 1962, el Colegio tuvo la calidad de piloto hasta el año 1972. Su primer Rector fue el señor Héctor Pastor Salvador y contaba con un personal docente y administrativo de 13 personas y 4 paralelos de primer curso, funcionando únicamente la sección diurna.

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El 14 de Noviembre de 1983, las autoridades del plantel después de analizar el servicio que prestaba la institución a la colectividad, solicitaron al Ministerio de Educación la creación de la sección nocturna con Acuerdo Ministerial No. 1938.

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El primer local se localizaba en la calle Rocafuerte, posteriormente se trabajó en el local de las calles Borrero y Loja. Desde el año 1978 contamos con un local propio ubicado en la Ciudadela Atahualpa en las calles Lauro Guerrero 127 Oe2G y Luis Iturralde.

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Con el fin de mantenerse como uno de los primeros colegios del sector sur de la capital se inicia el trámite para la aprobación del Proyecto Experimental sobre Innovaciones Curriculares de introducción del Bachillerato Científico Técnico y cambio en el Modelo de Evaluación  1996-2002, y mediante Acuerdo Ministerial No. 551 de 31 de enero  de 1997  se aprueba la designación de Colegio Experimental.

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La Dirección Provincial de Educación de Pichincha a través de su Departamento de Currículo aprobó el proyecto para la sección nocturna de reordenamiento curricular en el ciclo básico y el Bachillerato Técnico en Comercio y Administración Especialidad Contabilidad, a más del Bachillerato en Ciencias Generales y las especializaciones tradicionales: Físico Matemático, Químico Biólogo y Sociales.

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Actualmente y tras 52 años de servicio a la comunidad de Quito, la Institución Educativa Fiscal Amazonas se mantiene entre los colegios más emblemáticos y destacados de la capital, ofrece los niveles de Educación General  Básica Superior, Bachillerato General Unificado (BGU) y Bachillerato Técnico en Contabilidad y Administración de conformidad con lo que establecen los Acuerdos Ministeriales: 306-11. 242-11 y 307-11. Además, desde el 26 de junio de 2014, nuestro plantel, considerado como uno de los colegios más destacados de la capital y el país, asume nuevos retos y certifica para ofertar el Programa de Bachillerato Internacional, que brinda a sus estudiantes la oportunidad de obtener un diploma abalizado a nivel mundial.

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Nuestro plantel cuenta con 103 docentes, 14 administrativos, 1 médico, 2 odontólogas, 1 enfermera,  2669 estudiantes y se proyecta hacia el futuro con la seguridad de constituirse en un referente a nivel nacional e internacional con una comunidad educativa comprometida y decidida a trabajar para hacer de nuestros estudiantes seres proactivos, emprendedores y justos.